El estudio de Ecología Marina aborda patrones y procesos que afectan la dinámica de las poblaciones bentónicas de nuestro país. En ese contexto, esta línea de investigación se aboca al:
1) El estudio del desarrollo de los estadios tempranos de los recursos pesqueros y los mecanismos que modulan el éxito de su asentamiento y reclutamiento.
2) Abundancia y distribución espacial de organismos.
3) Dinámica población de los recursos marinos.
El conocimiento generado a través de esta línea de investigación es aplicado posteriormente en asesoría a usuarios tales como Pescadores Artesanales, Subsecretaría de Pesca y Acuicultura, Comisiones de Manejo, Gobiernos Regionales, para apoyar el proceso de toma de decisiones.