El manejo es sin duda una de las líneas de trabajo más complejas, ya que no sólo involucra el conocimiento biológico, sino que interactúa con disciplinas sociales. El manejo es aplicado por el hombre, desde su concepción del uso de los recursos naturales y con el fin de optimizar su aprovechamiento.
En este sentido, investigadores del programa y socios afines participan en talleres de modelamiento pesquero, además de la información básica generada en otras líneas antes descritas. A la vez el conocimiento generado se discute en Comités Científicos, para ser posteriormente entregado en Asesoría a Comités de Manejo y a la Subsecretaría de Pesca.