En su afán por vincularse con la comunidad del borde costero del sur austral de Chile, el Programa de Investigación Pesquera de la Sede Puerto Montt de la Universidad Austral de Chile mantiene convenios con diversas instituciones, lo que ha permitido fortalecer su gestión y mejorar su cobertura espacial haciendo más eficiente el uso de los recursos:
- Ilustre Municipalidad de Guaitecas: convenio de colaboración que ha permitido la materialización de la Estación Costera Guaitecas en Melinka.
- Ilustre Municipalidad de Cisnes: Convenio de colaboración que permitió la materialización de la Estación Costera Palena en terrenos de la escuela Amanda Labarca en Raúl Marín Balmaceda.
- STI de la Pesca Artesanal de Raúl Marín Balmaceda: En la ejecución del proyecto FIC Aysén-25 que promueve el desarrollo y proyección de la captación y venta de semillas de chorito en la región de Aysén.
- Instituto de Fomento Pesquero: Institución de investigación con la que se ejecutan diversas iniciativas en pesquerías bentónicas y que ha sido fundamental para el enriquecimiento del equipo de trabajo.